มิโคกามิและคาโอรุร่วมกันสืบหาความจริงเกี่ยวกับ "ไนน์เฮฟเว่น" ยาไซเบอร์อันตรายที่เชื่อมโยงกับเทคโนโลยี MJP แต่คาโอรุกลับถูกกลุ่มชาโดว์จับตัวไปทรมานจนจิตใจแตกสลาย ท่ามกลางความโกลาหลมีการเปิดเผยความลับว่าแมสซี่ได้แฝงตัวอยู่ในจิตใจของอลิซ ซึ่งนำไปสู่การหายตัวไปของเธอและจุดเริ่มต้นของการเดินทางสู่ "เนครอส" เพื่อค้นหาคำตอบทั้งหมด